De voortplanting van zeepaardjes is opmerkelijk; het mannetje ontwikkelt namelijk de eitjes in een soort buidel op de buik. Voor de paring wordt een uitgebreide paringsdans gemaakt waarbij ook de kleuren vaak veranderen. Het vrouwtje brengt tijdens de paring, waarbij de staarten van een koppel verstrengeld zijn, de eicellen in de buidel, waarna het mannetje ze bevrucht met zijn zaad. Het mannetje raakt als het ware zwanger van het vrouwtje, en beschermt de embryo's in de buik tot deze zelfstandig kunnen leven waarna ze uit de buidel komen en een eigen leven leiden. Dit in tegenstelling tot de meeste vissoorten die de eitjes juist aan hun lot over laten. Er zijn wel meer diersoorten waarbij de man de jongen verzorgt, maar bij een zeepaardje vindt zelfs de bevruchting in het mannetje plaats, wat uitzonderlijk is. Nadat de jonge zeepaardjes de vader verlaten, kan hij direct weer zwanger worden. Behalve broedzorg kent het zeepaardje ook nog een andere bijzonderheid; veel soorten zijn monogaam, en blijven het hele leven bij elkaar. Ook is het een sociaal dier dat liefst in groepen leeft, en erg zachtaardig van aard is.